1559-uosius Kalvino biografas dr. Emilis Dumergas vadina „iškiliais metais“. Tiesa, tais metais Valjadolide (Valladolid) buvo viešai įvykdytas inkvizicijos aktas. Tame mieste Ispanijos karalius Pilypas II ant protestantų išliejo savo įniršį. Tačiau tais metais dienos šviesą išvydo galutinis Kalvino Krikščioniško tikėjimo pagrindų leidimas. Tais metais taip pat buvo įkurta Ženevos Akademija, taip pat Kalvino dėka buvo sušauktas pirmasis Nacionalinis Prancūzijos Sinodas. Tuo pat metu, kai Ženevai iš visų pusių buvo grasinama, teisėjai, tarnautojai, kilmingieji ir paprasti žmonės darbavosi stiprindami miesto įtvirtinimus. Pačiam reformatoriui tai buvo kūniškos ligos ir nepertraukiamo darbo metai.
Reformacija Prancūzijoje
Nuo tos dienos, kai 1541-aisiais sugrįžo į Ženevą, Kalvinas siekė suburti reformuotus tikinčiuosius ne tik šiame mieste, bet ir Prancūzijoje. Prieš pat 1559-ųjų sinodo susirinkimą Paryžiuje protestantizmo augimas buvo neįtikėtinas. 1556-aisiais Beza apie Prancūzijos karalių rašė: „Tironas privalės arba sunaikinti ištisus miestus, arba palikti vietos tiesai.“ Dar po metų, nors ir nerimau damas dėl ganytojų trūkumo, jis pasidalino su Kalvinu dideliu džiaugsmu dėl neįtikėtino Kristaus karalystės plitimo Prancūzijoje.
1557-aisiais įniršusi minia įsiveržė į ramų protestantų susirinkimą Paryžiuje ir suėmė visus, kuriuos tik sugebėjo sugauti. Beza rašo, kad iš pačių tamsiausių požeminių kalėjimų buvo paleisti plėšikai ir banditai, kad tik būtų rasta vietos šiems kaliniams. Tarp suimtųjų buvo ir kilmingų moterų, kurių laukė mirtis ant laužo. Įkalintiesiems Kalvinas rašė: „Tai tiesa, kad išbandymas didelis ir sunkus <…>. Tačiau yra pasakyta, kad Dievas ne veltui išbando mūsų tikėjimą lyg auksą krosnyje. Ir jei kartais jis leidžia pralieti savo tarnų kraują, vis tik jų ašaros jam yra brangios.“
Tomis dienomis Prancūzijoje ganytojo dalia nebuvo lengva. Tačiau buvo daug pasiryžusių kišti galvą į liūto nasrus. „Neįtikėtina, – rašė Kalvinas, – su kokiu užsidegimu mūsų draugai pasiaukoja skelbti Evangeliją. Jie prašo būti įdarbinti ir nešti kryžių bažnyčiose lygiai taip, kaip kiti godžiai prašo parapijų iš popiežiaus. Jie apgula mano namų duris prašydami žemės lopinėlio, kuriame galėtų darbuotis. Joks monarchas neturėjo uolesnių už mano dvariškių. <…> Kartais aš bandau juos atkalbėti. Aš parodau jiems brutalius įsakymus sunaikinti visus namus, kuriuose bus renkamasi laikyti pamaldų. Aš primenu jiems, kad daugiau nei dvidešimtyje miestų vietos gyventojai išžudė ištikimuosius. Tačiau jų niekas nesustabdo.“
Žanas Makardas ( Jean Macard), vienas Ženevos ganytojų, pasisiūlė keliauti į Paryžių. Kalvinas jį labai mylėjo, tačiau nesvyruodamas priėmė jo pasiūlymą eiti į „tą kraujo sūkurį“. Makardas drąsiai lankė įkalintuosius ir narsiai bendravo su jų teisėjais. Tokie bebaimiai buvo Kalvino mokiniai.
1559-aisiais buvo sudaryta Cateau-Cambrésis taikos sutartis tarp Ispanijos ir Prancūzijos, kad būtų galima paskelbti karą vadinamai „erezijai“. Morelis (Morel), ganytojas Paryžiuje, Kalvinui rašė: „Mūsų priešininkų įniršis auga kiekvieną dieną. <…> Reaguojant į nepagrįstus kaltinimus išdavyste, į Normandiją buvo išsiųsta keletas kavalerijos brigadų. Sen-Lo (Saint-Lô) protestantams grasinama ugnimi ir kardu. Nežinau, ar jus pasiekė žinia apie tikinčiųjų pabėgimą iš Mu (Meaux). Miestą ištuštino baimė ir jis tapo panašus į dykvietę.“
Praėjus aštuonioms dienoms po šio laiško parašymo, 1559-ųjų gegužės 26-ą dieną, Paryžiuje susirinko Nacionalinis Sinodas, „didvyriškas Sinodas“. 1558-ųjų pabaigoje Puatje (Poitiers) įvyko preliminari Asamblėja. Šiame susitikime buvo nuspręsta, kad visos Prancūzijos bažnyčios sutartų dėl Tikėjimo Išpažinimo ir bažnytinės disciplinos normų. Jie taip pat nusprendė susitikti pačioje pavojingiausioje vietoje tam, kad tokiu drąsiu poelgiu būtų dar saugesni. Įsimintinas susitikimas kartuvių ir laužų šešėlyje tęsėsi keturias dienas. Paslaptis buvo išsaugota, Išpažinimas buvo surašytas ir viešai pasirašytas. Tada visi išsiskirstė kas sau. Vieni, galbūt, į kalėjimą, kiti – į kankynę. Jų prašymu Kalvinas išsiuntė trisdešimt penkias tikėjimo dogmas, kurios su mažais pakeitimais buvo priimtos. Dėl to taip greitai jų darbas buvo baigtas. Buvo klaidingai manoma, kad Kalvinas nepritarė Sinodui. Jis patarė nespausdinti Išpažinimo, nes jautė, kad tai būtų bereikalinga provokacija. Šis išpažinimas buvo pakartotinai išspausdintas La Revue Réformée 1952-aisiais.
Dievo nuosprendžiai
Henrikas II degė neapykanta ir noru naikinti. Jis pasižadėjo savo valdose išrauti „ereziją“ su šaknimis, įkalinti, kankinti ir žudyti protestantus. Buvo paliesti net ir aukštas pareigas užimantys žmonės. Tačiau netikėtai riterių dvikovoje Montgomerio (Montgomery) ietis sužeidė karaliaus akį ir po kelių dienų jis mirė. Kalvinas, išgirdęs apie žaizdą, pasakė: „Dievo nuosprendžiai yra gilūs, tačiau kartais jie atrodo aiškesni už saulę.“
Jo sūnus, Pranciškus II, pradėjo karaliauti būdamas vos šešiolikos. Jis nesugebėjo valdyti, todėl valdžią į savo rankas perėmė Gizos kunigaikštis Pranciškus ir jo brolis kardinolas iš Lotaringijos (Lorraine). Jie atnaujino įsakus prieš protestantus ir uoliai juos įgyvendino. Religinis protestantų vadovas buvo neprilygstamasis Kalvinas, tačiau politinėje plotmėje viltys buvo dedamos į du karališkus kunigaikščius – Navaros karalių ir Konde (Conde) kunigaikštį, kurie turėjo užimti teisėtą vietą valdžioje ir pasipriešinti Gizams, kurie buvo svetimtaučiai ir įsibrovėliai. Tačiau Gizai buvo galingi ir nesąžiningi, o Navaros karalius silpnos moralės. Kalvinas siekė vesti Navaros karalių teisingu keliu. Jo laiškai karaliui yra takto ir ištikimybės pavyzdys.
Tada sekė Ambuazo (Amboise) sąmokslas, kuriuo buvo ketinama pagrobti jaunąjį karalių ir įkalinti Gizus. Jis buvo netinkamai suplanuotas ir apgailėtinai įgyvendintas. Kalvinas jau nuo pat pradžių tam prieštaravo, tačiau veltui. Dėl to Gizų valdžia tik dar labiau įsitvirtino. Gizos kunigaikštis daugelį pasodino į kalėjimus. Ten jie, kartais stebint karaliui ir jo broliui, buvo ilgai kankinami. Navaros karalius ir Konde kunigaikštis buvo pakviesti į Orleaną susitikti su karaliumi. Tai buvo kelionė į liūto nasrus. Gizai abu juos suėmė ir Konde pasmerkė myriop. Nuosprendis turėjo būti įgyvendintas 1560-ųjų gruodžio 10-ą dieną, tačiau lapkričio 16-ą dieną Pranciškus II susirgo ir gruodžio 5-ą dieną mirė. Kalvinas rašė: „Tas, kuris pervėrė tėvo akį, kirto per ausį sūnui.“ Jis turėjo omeny tai, kad Pranciškus II mirė nuo pražūtingos ausies infekcijos.
Karolis IX, kitas Henriko II sūnus, sostą paveldėjo dešimties. Dabar valdžią gavo jo motina, Katerina Mediči (Catherine de Medici). Jei ne bailumas ir kvaili kaprizai, valdžia galėjo atitekti Navaros karaliui. Admirolas Kolinji (Coligny) paprašė Katerinos leidimo skelbti Dievo žodį ir teikti sakramentus, tačiau 1561-ųjų liepos mėnesį dėl Lotaringijos kardinolo intrigų buvo išleistas įsakas, draudžiantis bet kokius protestantų susibūrimus ir viešus renginius. Tuoj po to Karolis IX atsiuntė laišką Ženevos teisėjams ir priekaištavo dėl iš miesto į jo karalystę atsiunčiamų tarnautojų, kuriuos kaltino vykdant antivyriausybinę veiklą tarp žmonių. Atsakyme Kalvinas pripažino, kad tarnautojai yra siunčiami, nes tai yra Kristaus paliepimas skelbti žodį, tačiau neigė jų atsakomybę už neramumus Prancūzijoje.
